内分泌腺（副腎、生殖腺など）とは、ホルモンを直接血管に放出する腺(せん)のことです。
ーホルモンとはー
ホルモンは特定の臓器などでつくられたあとに血液中に放出され、全身をめぐりながら複数個の目的の器官の細胞に情報を伝えるための、内分泌腺で作られる体の働きを調整する化学物質です。
ホルモンはからだを健康に保つためのメッセンジャーであり、特定の各器官に脳の指令を届ける、からだの中を巡っている伝言メモのようなものです。実際の働きをするのは各器官を構成している細胞ですが、この細胞も、ホルモンの指令を受けないと働くことはできません。
私たちの身体は、内分泌腺でつくられるホルモンによって調整されており、最近の医学研究によれば、老化現象もホルモンに調整されていることがわかっています。
チャクラは内分泌腺に強く影響していると考えられていて、それぞれのチャクラエネルギーと結びついている内分泌腺に作用し、「ホルモン」というかたちをとった信号に変換されます。チャクラのエネルギーが正常な時はホルモンの生産を促し、正常でないときは、対応する内分泌系の機能が低下すると考えられます。
ホルモンは少量でも血流に放出されると、全身に影響を与えるほど強い作用を持ち、人の内分泌系は思考と感情による心理状態によって決定され、人は内分泌系の活動に従って変化する、感情的・精神的存在であると言われています。
また、内分泌系は、とても広い範囲の生理学的な変化を調整しているので、チャクラは間接的にも様々な影響を与えていると言えます。
内分泌系の親玉（最高中枢/コントロールセンター）は間脳にある視床下部で、視床下部がホルモンの出る量やタイミングを主にコントロールしています。視床下部は自律神経の最高中枢で、アージューナーチャクラと関連しています。